Ptolomeo se refiere al cabo de Gata como Charidemou Acra, que significa "promontorio de las cornalinas", lugar conocido por los navegantes griegos y fenicios que pugnaron por su control.

Con posterioridad, Aviano, en su Ora maritima se refiere a él como Iugum Veneris (Cabo de Venus), en referencia a la diosa de origen tartesio que los romanos identificaron con Afrodita. Para venerarla levantaron un templo en el Cerro de la Testa.

La abundancia de ágatas en el terreno, que había dado lugar al nombre fenicio, hizo retomarlo durante la Edad Media, siendo conocido como Cabo de las Ágatas. Por contracción fonética, acabó imponiéndose el que es empleado en la actualidad. Otra posibilidad que se baraja es que el término venga de una palabra latina adoptada por los árabes. De "capita" (leído esdrújulo), pasaría en árabe a "qabta" por síncopa de la "i", lo que sería actualmente un pleonasmo: el cabo de "Cabo" traducido.

En 1863 fue construido el faro del cabo de Gata, de 18 metros de altura, con destellos cada 30 segundos a más de 50 metros sobre el nivel del mar, donde se puede observar desde 30 millas de distancia. En el siglo XX se acompañó con la casa del faro y otras instalaciones a su alrededor.

Este faro fue construido sobre el castillo de san Francisco de Paula (1738), que más tarde fue desartillado por la guerra de la independencia de España.